Hydrobiolog Petr Znachor z Biologického centra Akademie věd v Českých Budějovicích sleduje kvalitu vody v Lipně přes třicet let. V rozhovoru pro iDNES.cz upozorňuje na problematiku fosforu, který se do přehrady dostává z přítoků a je jednou z hlavních živin podporujících růst sinic. Nedávno se staly tématem takzvané bentické sinice rostoucí u dna, které mohou být nebezpečné pro psy.